Operační programy jsou hodnoceny pomocí monitoringu a evaluací. Monitoring se zaměřuje na přímé výsledky a výstupy projektů, plnění monitorovacích indikátorů a správné využití finančních prostředků v projektech. Evaluace se zaměřuje na vyhodnocení dopadů a udržitelnosti operačního programu, zda jednotlivé podpořené projekty efektivně dosahují celkového cíle operačního programu a NSRR, a všímá si i udržitelnosti dosažených výsledků. Povinnost evaluace vyplývá jak pro Národní strategický referenční rámec a Národní program reforem, tak pro úroveň operačních programů na základě čl. 45 až 47 obecného nařízení(30). Cílem evaluace je zvýšení kvality a efektivnosti operačních programů, s důrazem na specifické strukturální problémy členské země a na udržitelný rozvoj.

V běžícím implementačním programovacím období 2007 - 2013 mají být operační programy vyhodnocovány:

dle okamžité potřeby (ad hoc) v návaznosti na zjištění monitoringu (odchylky od cílů, požadavky revizí ap.) - pro zlepšení procesu implementace,
průběžně (ongoing) nebo
souhrnně pro strategické zprávy podle čl. 27 odst. 2 obecného nařízení.

Nás v tomto období nás zajímá nejvíce ad-hoc hodnocení a hodnocení průběžné.

Právě v evaluaci je možné vyhodnotit účinnost realizačních procesů, zkoumat přínosy z realizace programu a jejich souladu se stanovenými cíli a vhodnosti jejich nastavení a také vydávat doporučení ke zvýšení efektivnosti OP. Pokud chceme analyzovat význam neziskových organizací v realizaci programů strukturálních fondů, je průběžná, anebo ad-hoc evaluace vhodným nástrojem. Evaluace prohlubuje a využívá výsledky monitoringu, který je spíše zaměřen na plnění daných indikátorů a sledování finančních toků.

Doporučení zapojit neziskové organizace do procesu evaluace vyplývá i z dokumentů Evropské komise(31). Princip partnerství a zapojení neziskových organizací doporučuje Evropská komise jak pro přípravu evaluačních plánů, tak pro realizaci evaluace a zpracování evaluačních zpráv.

Neziskové organizace jsou, podle doporučení Evropské komise, vítaným partnerem procesu evaluace, jako členové oponentních pracovních skupin, které by měly vznikat ke každému hodnocení. Evropská komise přímo doporučuje, v zájmu zajištění nezávislosti a kvality hodnocení, vznik takových pracovních skupin. Evropská komise doporučuje, aby členy těchto skupin byli i zástupci občanské společnosti.

V českých doporučeních(32) se však úloha partnerství, ani podpora zapojení občanské společnosti neobjevuje. Evaluace se řídí evaluačním plánem, v rámci kterého jsou realizovány evaluační projekty. Na základě shora popsaných zkušeností by se proces zapojení neziskových organizací do evaluace měl řídit plánem zapojení NNO, který by se smysluplně prolínal s plánem evaluace.