Největším problémem jsou omezené kapacity neziskových organizací. Dokud nebudou zlepšeny podmínky pro zapojení NNO do přípravy, monitoringu a implementace programových dokumentů a životaschopnost samotných neziskových organizací, není možné očekávat ani zlepšení spolupráce a vytváření partnerských vazeb. Pro vytváření a upevňování partnerství je zásadní, aby neziskové organizace mohli být sebevědomým, rovnocenným partnerem veřejné správy. Neziskové organizace potřebují vzdělávat své odborníky a manažery, využívat konzultanty, využívat informační technologie pro lepší komunikaci a pro rychlejší spolupráci při vytváření, projednání nebo připomínkování dokumentů uvnitř neziskového sektoru. V neposlední řadě potřebují rovný přístup k využívání technické pomoci vyčleněné pro tento účel.